感染

科学家成功利用宏基因组测序技术快速识别人类体液中的病原体

作者:佚名 来源:生物谷 日期:2020-11-16
导读

         近日,一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中,来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现,利用宏基因组测序技术(metagenomic sequencing)或能快速检测人类体液样本中的病原体,文章中,研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测,其中大部分人群都是因病住院的患者。 目前诊断患者是否发生感染的方法就是收集患者的血液或组织样本,并送到实验室中进行

关键字:  基因组测序 

        近日,一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中,来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现,利用宏基因组测序技术(metagenomic sequencing)或能快速检测人类体液样本中的病原体,文章中,研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测,其中大部分人群都是因病住院的患者。

        目前诊断患者是否发生感染的方法就是收集患者的血液或组织样本,并送到实验室中进行检测,在大多数情况下检测会分为两类,第一种就是进行培养来观察病毒、真菌或细菌是否会繁殖,另外一种就是通过PCR技术来检测DNA从而识别外来的病原体是否存在;正如研究人员指出的那样,培养需要花费时间,而且只有当临床医生已经确定了感染的性质时才能够使用PCR进行病原体的检测。

        图片来源:Pixabay/CC0 Public Domain

        这项研究中,研究者表示,使用宏基因组测序的技术就能加速对感染性因子的识别,在这种测序过程中,研究人员首先会从诸如尿液、脓液和脑脊液等样本中提取遗传物质,随后进行测序,这样他们就能利用宏基因组测序来快速识别样本中的细菌、真菌或感染性病毒。文章中,研究人员收集了158名患者机体在的多种体液样本,其中大部分患者为入院治疗的个体,在这些患者中,127人已经被诊断为特殊病原体的感染,其中9例竟培养检测发现并未感染,但PCR的检测结果却是阳性。

        为了对这些样本进行检测,研究人员利用了新一代宏基因组测序技术(mNGS,metagenomic next-generation sequencing),相比其它方法而言,其更加准确且快速,当使用来自Illumina公司的测序技术时,对细菌感染诊断的敏感性能达到79.2%,特异性能达到90.6%;而使用来自nanopore公司的测序技术时,对细菌感染诊断的敏感性能达到75%,特异性能达到81.4%,而且诸如此类检测能在几个小时内完成。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Gu, W., Deng, X., Lee, M. et al.

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